南京大学研究生院是全国首批硕士/博士学位授权单位之一，自硕士研究生教育开始，研究生教育一直是南京大学的一项重要任务。
南京大学研究生教育始终坚持“兼顾素质教育和专业学位教育、注重学生个性发展和专业能力培养、融合课堂教育、技能培训与社会实践，全面提高研究生素质”的办学理念，现有一流的硕士/博士学位授权一级学科，并且在近年来持续开展产业技术研究院、实验室共建、联合培养等项目，研究生教育质量和水平进一步提升。
南京大学研究生院下设光华、人文、社科、理科、生科、医学六个研究院，共有80个硕、博学位授权一级学科和22个硕、博学位授权二级学科。此外，学院还开设了工程硕士、管理硕士、会计硕士、法律硕士、约旦河西岸巴勒斯坦的大学联合培养硕士等应用学位类研究生专业学位点和《研究生学位论文撰写与管理规定》等多项规章制度和制度管理体系。
南京大学研究生院在培养研究生的同时，也十分注重研究生的社会实践能力的提升和创新创业能力的培养。南京大学实施“1 X”制度，让研究生在学习期间不仅能够获得硕、博学位，还可以获得企业职业技能认证证书、训练营证书等证书，这些证书在研究生毕业或申请工作时都会有很大帮助，让研究生的雇用竞争力得到提升。
南京大学研究生院的深入办学理念和优质的硕博教育质量不仅受到国内各界的认可，还受到了国际教育领域的高度关注。南京大学研究生院将继续坚守“培养成材，始终如一”的育人原则，以目标导向的教育理念，打造全球一流的研究生教育机构！